世界中の海で謎の怪物が船を襲うという事件が多発。巨大生物によって船を沈められるのを恐れた米国政府は、調査隊を派遣することを決め、その調査をフランスの著名な科学者アロナックス教授に依頼する。博士は娘と共にエイブラハム・リンカーン号に乗り込む…